Структура НН ІАТЕ об’єднує п’ять випускових кафедр, навчально-дослідні центри та лабораторії.
Кафедри
Центри та лабораторії
Центр надійності та безпеки АЕС
Безпека, розрахункові коди та реакторні тренажери.
Центр підтримки ядерної захищеності
Фізичний захист, контроль доступу та комп’ютерне моделювання.
Центр декарбонізації енергетики
Енергоефективність, кліматично нейтральні міста та Енерго-Інноваційний Хаб.
Лабораторія процесів в енергетичному обладнанні
Прикладні дослідження теплообміну, обладнання й енергетичних систем.
Лабораторія кіберенергетичних систем
Документи й матеріали навчально-наукової лабораторії.
Лабораторія комп’ютерного моделювання в енергетиці
Моделювання фізичних полів, процесів та цифрових двійників.
Лабораторія методичного забезпечення інтернет-технологій в енергетиці
Цифрова інфраструктура та інформаційні ресурси інституту.